Vòng chung kết Giải bóng đá sinh viên toàn quốc VTC – YAMAHA CUP 2012 đã chính thức khởi tranh với hai trận đấu đầu tiên trên sân Bách Khoa – Hà Nội. Trong trận đấu này, chỉ với 10 người từ phút 33 do Anh Tuấn bị truất quyền thi đấu song Đại Học Dân lập Hải Phòng vẫn giành được 3 điểm trước đội bóng đến từ Đại Học Nông Lâm - TP.HCM. Cuộc đối đầu sau đó giữa ĐH Sư phạm Hà Nội và ĐH Nông nghiệp Hà Nội, đội bóng của các thầy giáo tương lai đã vượt qua những anh chàng kỹ sư nông nghiệp tương lai cũng với tỷ số sát nút 1-0. Người lập công cho ĐH Sư phạm Hà Nội là Minh Lâm ở phút 26. Với kết quả này, ĐH Sư phạm Hà Nội và ĐH Dân lập Hải Phòng cùng có 3 điểm, cùng hiệu số và tạm vươn lên dẫn đầu bảng B. ĐH Nông nghiệp Hà Nội và ĐH Nông Lâm TP.HCM tạm xếp dưới với 0 điểm.
Cũng trong buổi chiều ngày 17/11 trên sân Hàng Đẫy, diễn ra trận đấu rất được chờ đợi của bảng A giữa ĐH Bách Khoa Hà Nội với ĐH Giao thông vận tải. Chơi lấn lướt hơn trong phần lớn thời gian thi đấu nhưng ĐH Bách khoa HN đã không thể có được 3 điểm trọn vẹn trước ĐH Giao thông vận tải. Kết quả hòa 1-1, cả hai đội bóng kỹ thuật buộc phải hài lòng với 1 điểm có được.
Trận cầu đáng chú ý nhất trong ngày thi đấu thứ hai của giải đã diễn ra giữa Đương kim Vô địch ĐH Thủy Lợi và ĐH FPT. ĐH Thủy Lợi đã kết thúc trận đấu bằng cách biệt 3 bàn, sau pha lập công của Hoài Sơn ở phút 77. Ở trận đấu còn lại của buổi sáng ngày 18/11, ĐH Sư Phạm TP.HCM đã thất thủ 0-1 trước Cao đẳng Công Nghiệp Huế.
Chiều ngày 18/11, các trận đấu đầu tiên ở bảng C và D đã diễn ra hết sức sôi động. ĐH Công nghệ Sài Gòn đã hòa ĐH Lâm nghiệp với tỉ số 0-0. Và tiếp đến là trận hòa 2-2 giữa ĐH Quốc tế Hồng Bàng và ĐH Công nghiệp TP.HCM. Trận hòa 1-1 giữa ĐH Sư phạm TDTT Hà Nội và ĐH Hải Phòng cũng là trận hòa thứ 3 trong buổi chiều cùng ngày.
Kết thúc lượt trận chiều 18/11, dẫn đầu bảng C là đương kim vô địch ĐH Thủy Lợi với 3 điểm. ĐH Công nghệ Sài Gòn và ĐH Lâm Nghiệp cùng có 1 điểm xếp ở vị trí thứ 2. Tân binh FPT tạm xếp cuối bảng với 0 điểm. Trong khi đó cả 4 đội ở bảng D là ĐH Sư phạm TDTT Hà Nội, ĐH Quốc tế Hồng Bàng, ĐH Công nghiệp TP.HCM và ĐH Hải Phòng đều có được 1 điểm đầu tiên.
Sáng ngày 19/11 Lượt trận thứ hai của bảng B cũng diễn ra sôi động không kém, ĐH Dân lập Hải Phòng giành chiến thắng với tỷ số 2-1 trước đội bóng ĐH Nông nghiệp Hà Nội, qua đó vững chắc ở ngôi đầu bảng B. Trong trận đấu còn lại của bảng B, giữa ĐH Sư phạm Hà Nội và ĐH Nông lâm TP.HCM, đội bóng tới từ thành phố mang tên Bác đã dễ dàng vượt lên dẫn trước 2-0 sau cú đúp của cầu thủ mang áo số 12, Danh Tùng ở các phút 34 và 62.
Ở trận đấu cũng tại bảng A, ĐH Sư phạm TP.HCM đã xuất sắc vượt qua ĐH Giao thông vận tải với tỷ số 2-1. Dẫn trước CĐ Công nghiệp Huế tới tận những phút cuối, nhưng chỉ một chút bất cẩn đã khiến ĐH Bách khoa Hà Nội đánh rơi chiến thắng, phải tới phút 75, Văn Truyền nhanh chân dứt điểm ở cự ly gần, ấn định tỷ số hòa 1-1. Với kết quả này, CĐ Công nghiệp Huế tiếp tục nắm giữ ngôi đầu bảng A với 4 điểm. Xếp tiếp sau lần lượt là ĐH Sư phạm TP.HCM, ĐH Bách khoa Hà Nội và ĐH Giao thông vận tải.
Ở lần thứ hai giải đấu này, ĐH Thủy lợi có chiến thắng giòn giã 3-0 và họ chính là đội bóng đầu tiên lọt vào vòng tứ kết ở giải đấu năm nay. Với chiến thắng đậm đà này, ĐH Thủy lợi là đội bóng thứ hai, sau ĐH Dân lập Hải Phòng toàn thắng sau 2 lượt đấu. Tuy nhiên, các nhà Đương kim Vô địch lại là đội đầu tiên ghi danh vào vòng tứ kết, bởi trước đó ĐH FPT đã vượt qua ĐH Công nghệ Sài Gòn với tỷ số 2-1.
Ở lượt đấu đầu tiên của bảng D ĐH Sư phạm TDTT Hà Nội đã giành chiến thắng với tỷ số 4-0 dẫn trước ĐH Hồng Bàng. Trận thứ 2 bảng D cách biệt vẫn tiếp tục được tạo ra. Với thể lực vượt trội cùng lối chơi bài bản, ĐH Hải Phòng đã dễ dàng vượt qua ĐH Công nghiệp TP.HCM với tỷ số 3-0.
Với kết quả này, đội ĐH Sư phạm TDTT Hà Nội và ĐH Hải Phòng đang chia nhau 2 vị trí dẫn đầu với cùng 4 điểm. Chỉ cần 1 kết quả hòa ở lượt đấu cuối là đủ để 2 đại diện này đi tiếp.
Xếp cuối bảng hiện đang là ĐH Hồng Bàng và ĐH Công nghiệp TP.HCM. Cơ hội vào tứ kết với hai đội bóng này vẫn còn, nhưng là khá nhỏ bởi không những phải giành trọn 3 điểm ở lượt đấu cuối, họ còn phải ghi thật nhiều bàn thắng để cải thiện hiệu số bàn thắng bàn thua.
Ở bảng B, với chiến thắng sát nút trước ĐH Nông nghiệp Hà Nội, ĐH Nông lâm TP.HCM đã lọt vào tứ kết cùng ĐH Dân lập Hải Phòng. ĐH Dân lập Hải Phòng và ĐH Sư phạm Hà Nội, hai đội đã thủ hòa với tỷ số 2-2. ĐH Nông nghiệp Hà Nội thắng ĐH Nông Lâm Tp.HCM với tỷ số 2-1. Đáng buồn nhất có lẽ là ĐH Nông nhiệp Hà Nội. Các kỹ sư nông nghiệp tương lai đã rời giải mà không có được điểm số nào.
Xếp cuối bảng A sau 2 lượt đấu với chỉ duy nhất 1 điểm, ĐH Giao thông vận tải chỉ còn duy nhất một sự lựa chọn là phải thắng để hy vọng vào một kết quả có lợi giữa  ĐH Bách khoa Hà Nội và ĐH Sư phạm TP.HCM. Và kết quả ĐH Giao thông vận tải đã giành chiến thắng với tỷ số 3-1.
Ở trận đấu thứ hai giữa ĐH Bách khoa Hà Nội và ĐH Sư phạm TP.HCM. Với sự cổ vũ nồng nhiệt trên các khán đài, ngay ở phút thứ 3, ĐH Bách khoa Hà Nội đã có được bàn mở tỷ số do công của số 16, Nguyễn Văn Dũng.Tiếp tục khí thế tấn công trong những phút còn lại, ĐH Bách khoa Hà Nội có thêm 2 bàn thắng nữa ở các phút thứ 55 và 77.
Như vậy, 2 trận tứ kết đầu tiên của giải năm nay đã được xác định. Trận đấu đầu tiên là giữa ĐH Bách khoa Hà Nội và ĐH Nông lâm TP.HCM. Trận tứ kết thứ hai là giữa ĐH Dân lập Hải Phòng và ĐH Giao thông vận tải.

Như vậy đến hết ngày 22/11 đã xác định được 4 đội sẽ khởi tranh ở trận tứ kết ngày thứ 7, 24/11 như sau: